Mortal Kombat 4 je první Mortal Kombat kompletně ve 3D. Kromě částečně změněné hratelnosti díky změně perspektivy, přineslo toto pokračování i částečně interaktivní arénu, kdy bylo možné po soupeři házet předměty pohozené v aréně. A představilo i limitované používání zbraní, které bylo také možné po soupeři hodit, stejně jako si je pak vzít.
Před tisíci lety, během války se zkaženým Starším bohem jménem Shinnok, Raiden způsobil záhubu jedné celé civilizace. Aby se to víc neopakovalo, a aby chránil ostatní říše před Shinnokovou hrozbou, Raiden vyhnal svého rivala na temné místo známé jako Netherealm, avšak cena za to nebyla malá.
Několik let před Shaolinským turnajem, původní Sub-Zero asistoval čaroději a nekromancerovi Quan Chi-mu v získání shinnokova amuletu, který má moc překračovat všechny říše (události známé z Mortal Kombat Mythologies: Sub Zero). Poté, co Shao Khan opět selhal při získávání Pozemské říše, Quan Chi se spojil se Shinnokem a pomohl mu utéct z jeho vězení. Následně za jeho pomoci vyvraždili všechny Starší bohy. Avšak Raidenovi a Fujinovi se podařilo ujít, aby shromáždili nejlepší pozemské bojovníky k boji proti novému nepříteli. Tisíciletý konflikt mezi Raidenem a Shinnokem opět začal, ale tentokrát ho vybojují smrtelníci...