RPG hra Warhammer 40,000: Rogue Trader využívá přímo pravidla table top hry Rogue Trader. Hráč si zde vytvoří vlastní hlavní postavu a spolu s mnoha společníky - jako třeba důstojník, inkvizitor, vesmírný mariňák nebo třeba tajemný psyker, bude rozhodovat o podobě světa kolem sebe. Může si dokonce v jistých případech přivlastňovat celé planety.
Na hráče čeká ve hře Warhammer 40,000: Rogue Trader cestování vesmírem ve vlastní lodi. Dále bohatý systém bojových i diplomatických schopností, větvené dialogy a rozhodování s následky a také systém morálky a řešení vztahů se společníky s možností různých romancí. Tahový soubojový systém je obohacen o RPG prvky a je jen na hráči, jak synergetickou partu si vytvoří.